医疗机构需要缴纳的税种主要包括：
增值税：
医疗服务通常免征增值税，但销售药品、器材等物品可能需要缴纳增值税。
城市维护建设税：
根据实际缴纳的增值税、消费税税额计算，税率一般为7%、5%或1%。
教育费附加：
基于增值税、消费税的税额，附加率为3%。
地方教育费附加：
同样基于增值税、消费税的税额，附加率为2%。
房产税：
对于企业或自收自支的事业单位，需对其所有房产、土地缴纳房产税。
城镇土地使用税：
在城市、县城、建制镇和工矿区范围内，对土地使用权的单位和个人按实际占用土地面积征收。
印花税：
根据经济活动中书立、领受的凭证征收，税率有从价计税和从量计税两种方式。
个人所得税：
对医疗机构雇佣的个人，如工资、奖金和薪金等收入需缴纳个人所得税。
企业所得税：
根据利润总额征收，一般税率为25%，特定情况下可能有所不同。
其他税费：
可能包括资源税、环保税、消费税等，具体根据当地政策和税法规定而定。
对于非营利性医疗机构，部分服务收入可能免征营业税，自产自用制剂可能免征增值税，且自用房产、土地、车船可能免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税。
请注意，税率和优惠政策可能随时间和地方政策变化，具体情况需咨询当地税务机关
