如果存根联丢失，可以采取以下措施：
向票据供应单位申请重开发票
纳税人可以向原票据供应单位提出申请，由其出具新的发票，替换原发票，并填写“卷式发票重开”字样。
向税务机关提出申请
纳税人可以凭票据原件、复印件和其他凭证向主管税务机关提出申请，由主管税务机关出具针对性批复，确认原发票金额及税额数额。
凭以上证据向银行提出办理增值税发票代扣代缴税款
纳税人凭以上证据及增值税征收管理办法等有关规定，可以向银行提出办理增值税发票代扣代缴税款的申请，及时正确地完成纳税义务税款缴纳。
普通发票丢失的补办办法
复印存根联并盖章；
交给客户入账；
财务人员设置发票登记本，登记购入发票的数量、号码，开出的发票号码、日期、客户、金额、领取人；
送给客户并要求客户回签。
增值税发票丢失的补办办法
复印存根联；
交客户当地主管税务局确认并出具未抵扣税证明；
报本公司主管税务局，开具红字发票冲原开发票；
重新填开发票给客户。
增值税专用发票丢失的处理
在《中国税务报》上刊登“遗失声明”；
到辖区内的地级市报刊上刊登“遗失声明”；
持刊登“遗失声明”时取得的发票到税务机关查验；
购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
普通发票丢失的处理
刊登“遗失声明”；
携带《发票挂失/损毁报告表》、刊登“遗失声明”取得的发票原件或复印件、公安部门受理报案的有关材料到税务机关办理挂失手续。
支票存根联丢失的处理
写一份支票存联丢失的报告，注明支票号及用途，盖上公章；
到开户银行咨询工作人员，提供基本户的印鉴、身份证，查询并打印该笔记录，加盖银行印章，作为入账的原始凭证。
建议：
