商务部门通常包括以下职能机构：
1. 办公厅（国际贸易谈判代表秘书局）
2. 人事司
3. 政策研究室
4. 综合司
5. 条约法律司
6. 财务司
7. 市场秩序司
8. 市场体系建设司
9. 流通业发展司
10. 市场运行和消费促进司（国家茧丝绸协调办公室）
11. 反垄断局（国务院反垄断委员会办公室）
12. 对外贸易司（国家机电产品进出口办公室）
13. 服务贸易和商贸服务业司
14. 产业安全与进出口管制局
15. 外国投资管理司
16. 对外援助司
17. 对外投资和经济合作司
18. 贸易救济调查局
19. 国际经贸关系司
20. 世界贸易组织司（中国政府世界贸易组织通报咨询局）
21. 亚洲司
22. 西亚非洲司
23. 欧亚司
24. 欧洲司
25. 美大司
26. 台港澳司
27. 电子商务和信息化司
28. 外事司
29. 机关党委（工会团委）
30. 机关纪委
31. 离退休干部局
此外，根据地区和职能需求，商务部门还可能包括其他特定部门，如市场监督管理科、商务发展科、商贸流通科、市场秩序科、市场信息科、招商合作科、贸易发展科等。
