员工迟到被扣除的工资 最多不能超过基本工资的20%。根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
此外，用人单位在行使管理权时应当合理且善意，不能以惩罚为目的扣除多倍工资。按照劳动者日工资标准扣发实际缺勤期间的工资更为合理。
因此，员工迟到被扣除的工资上限为基本工资的20%，并且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准的80%。
