春秋时为齐国柯邑。秦置东阿县，治所在今县东境阿城镇，属东郡。西汉东阿县仍属东郡，为都尉治所。东汉因之。三国魏、西晋属济北国。西晋末县废，北魏复置东阿县，属济北郡。隋文帝开皇十六年（596）析东阿县置阳谷县，隶属济州。;取东阿县界阳谷亭为名。大业三年（607）属济北郡。唐初属河南道济州。唐天宝十三年（754）改属河南道郓州。五代时仍属郓州。宋景德三年（1006年）阳谷县徙治于孟店（今阳谷镇），属京东西路东平府。金属山东西路东平府。元属山东东平路。明属山东布政使司兖州府东平州。清初改属山东省兖州府。雍正八年（1730）改属东平直隶州。雍正十三年（1735）复属兖州府。1913年属山东省济西道。1914年改属东临道。1927年废道级建制，直属山东省。
1949年8月，改属平原省聊城专署。1952年11月，平原省撤销，改属山东省聊城专区。1958年12月15日，阳谷县建制撤销，并入寿张县；1961年7月1日，恢复阳谷县，均仍属聊城专区。1967年专区改称地区，阳谷县改属聊城地区。1998年3月，聊城地区改为地级聊城市，阳谷县改属聊城市。
