药店被投诉的部门主要取决于投诉的内容和性质：
药品质量问题：
如果投诉涉及药店违反药品管理相关法律法规或药品质量存在问题，可以拨打食品药品监督管理局的12331热线进行投诉。
消费纠纷或消费者权益侵害：
如果是与药店之间的消费纠纷或消费者的权益被侵害，可以拨打工商行政管理部门的12315热线进行投诉。
价格问题：
如果投诉涉及药品价格问题，可以向县级以上各级人民政府价格主管部门投诉。
其他违法行为：
如果涉及药店的其他违法行为，如无《药品经营许可证》、无《药品经营质量管理规范》、销售假药、销售劣药、医保卡刷卡违规等，也可以向食品药品监督管理局举报。
建议
明确投诉内容：在投诉前，先明确投诉的具体内容和性质，以便选择正确的投诉渠道。
保留证据：在投诉时，尽量保留相关证据，如药品照片、购买凭证、就医记录等，以便投诉部门能够更好地处理投诉。
及时投诉：发现药店存在问题时，应及时进行投诉，以便相关部门能够及时介入和处理。
