工程包干审计的方法和步骤如下：
接受业务委托：
审计人员在决定接受业务委托后，注册会计师应当与客户就审计约定条款达成一致意见。
计划审计工作：
在执行具体审计程序之前，审计人员必须根据具体情况制定科学、合理的计划。
识别和评估重大错报风险：
审计人员必须实施风险评估程序，以此作为评估财务报表层次和认定层次重大错报风险的基础。
应对重大错报风险：
审计人员除了实施风险评估程序外，还应当实施进一步的审计程序。
编制审计报告：
审计人员应当合理运用执业判断，形成适当的审计意见并出具相关的审计报告。
全面审计法：
按照国家和行业建筑工程预算定额的编制顺序或施工的先后顺序，逐一地对全部项目进行审查的方法。其优点是全面、细致，经审计的工程造价差错比较少、质量比较高，缺点是工作量较大。适用于工程量较小、工艺比较简单、造价编制或报价单位技术力量薄弱，甚至信誉度较低的单位。
标准图审计法：
对于利用标准图纸或通过图纸施工的工程项目，先集中审计力量编制标准预算或决算造价，以此为标准，进行对比审计的方法。适用于按标准图纸设计或通用图纸施工的工程，一般地面以上结构相同，可集中审计力量细审一份预决算造价，作为这种标准图纸的标准造价。
联合审计方式：
由于审计人员的专业结构及综合素质存在单一性等问题，审计部门应组织工程技术、经营计划、物资管理等相关部门的专业人员组成联合审计组，对整个工程项目实施全过程的审计，规避审计风险。
加强内部沟通与协调：
审计组应细化成多个小组分别审查，同时加强内部沟通协调，确保审计工作的顺利进行。
以成本费用为重要审计内容：
加强对人工、材料、机械等价格的审查，确保项目实施过程中发生成本真实、合理。
审查合同文件：
仔细研究总包干合同的各项条款，明确工程量的计算规则、计价方式以及双方的权利义务等，确定审计的依据和范围。
现场勘查：
对工程现场进行实地考察，对比实际施工情况与合同约定的工程量，核实是否存在差异。
核对施工记录：
包括施工日志、监理日志、材料进场记录等，检查这些记录是否完整、准确，能否与申报的工程量相印证。
分析计价依据：
审查工程计价所依据的定额、标准和价格是否合理、合规，有无虚高或错误套用的情况。
重新计算工程量：
对于存在疑问的部分，依据合同约定的计算方法重新计算工程量，以验证其真实性。
审查变更签证：
核实工程变更签证的真实性、必要性和合规性，防止通过虚假变更增加工程量。
借助第三方专业机构：
如有需要，可聘请具有资质的工程造价咨询机构进行辅助审计，以提高审计的准确性和公正性。
施工前审计：
审计甲乙双方签订合同的合法合理性，审查有无超规模、超设计概算的现象；审查有无压级、压价的现象；审查建设单位的资金到位落实情况。
结合合同中工程款的拨付等有关条款，检查有无违反合同规定，多付少拨工程款的情况 。结合工程施工图、工程施工记录、工程进度表、隐蔽工程验收等技术资料，检查工程各个部分有没有按规定施工，工程质量是否符合规范要求
。
关注施工合同条款是否合法、合理、全面、有效：
主要关注合同签订的方式、时间等是否合规；合同条款是否与招标文件响应一致；中标单位的投标承诺是否得以体现；工程质量、工程进度的要求是否明确；工期、质量、安全等方面的违约责任和奖惩措施是否明确；工程款的结算方式、支付方式是否明确；及有专业工程分包的限制等问题。
关注施工图纸是否完整、规范、准确：
主要关注图纸设计中是否存在问题，导致部分实体工程低于规范标准、与周边环境不协调等问题，延误了工期，增加了工程造价。
总价包干合同的审计：
固定总价合同是属于价格规定好的合同，在一般情况下是不能调整价格的，但如果出现一些特殊的情形时，是可以调整的。审计时应注意合同中的风险范围及超出此范围的处理方法。
加强现场监督和记录：
审计组成员应经常深入施工现场，掌握工程进展、变更等真实情况，
