公积金制度虽然有其优势，如保障性、互助性和低利率贷款等，但也存在一些弊端，主要包括以下几个方面：
覆盖率不均：
全国范围内缴纳公积金的人口比例不高，大约只有40%-45%左右。机关事业单位基本全覆盖，而私营企业缴纳比例不足10%。这导致很多人无法享受公积金的福利，造成一定程度的不公平。
受益不均：
公积金本应为低收入人群服务，但实际上只有约30%的缴纳者真正提取过公积金用于买房。优质单位的员工更容易享受公积金福利，而中低收入者未能充分利用其优势。
资金增值慢：
公积金账户的年利率较低，约为1%多一点，远低于通胀率，导致资金实际购买力下降，难以增值。
提取设计不够灵活：
尽管提取流程有所简化，但仍存在提取额度限制等问题。有些人每月只能提取部分公积金，但缴纳的金额远高于提取额度，导致公积金闲置。
对低收入者不公平：
高收入者有能力支付更多公积金，而低收入者可能因为公积金制度不够公平而受益较少。
行政管理不透明：
公积金的管理可能存在滥用和不透明的情况，导致资金未能有效满足缴纳人的利益。
额度和贷款数量有限制：
公积金贷款的额度和可贷额度受个人缴存时间和档次的影响，且贷款金额通常有限制。这可能限制了购房者的资金运用。
提取公积金的额外负担：
提取公积金需要缴纳个人所得税，增加个人财务负担。此外，提取公积金可能会降低信用等级，影响后续信贷申请。
提前还款费用高：
公积金贷款提前还款收取的手续费较高，可能超过购房者所能省下的利息，限制了提前还款的选择。
使用范围受限：
公积金贷款只能用于购买住房，不能用于其他投资或个人消费，影响了个人的理财规划和发展。
受政策干扰：
公积金贷款政策受到政府支持和控制，存在不确定性，可能给购房者带来一定的不便。
综上所述，公积金制度在实施过程中存在覆盖率不均、受益不均、资金增值慢、提取设计不够灵活、行政管理不透明、额度和贷款数量有限制、提取公积金的额外负担、提前还款费用高、使用范围受限、受政策干扰等问题。建议进一步完善公积金制度，使其更加公平、透明和灵活，更好地服务于广大民众。
