司法行政部门主要包括以下机构：
中华人民共和国司法部：
作为中央行政机关，负责全国范围内的司法行政管理工作。
地方司法厅：
各级地方政府的司法行政部门，负责本行政区域内的司法行政管理工作。
司法局：
地方各级政府的司法行政部门的下属机构，具体执行司法行政任务。
监狱管理局：
负责监狱的管理和改造工作，属于司法行政部门的一部分。
综上所述，司法行政部门包括中华人民共和国司法部、地方司法厅、司法局和监狱管理局等机构，这些机构依法行使职权，由中央和地方政府共同执行行政职能，主要职责是维护社会稳定和法治秩序。
